Durch die immer weiter voranschreitende Spezialisierung und Differenzierung bei Flusskreuzfahrten sind eine Vielzahl an Anbietern mit Nischenkonzepten auf den Flüssen der Welt zu finden. Kennzeichnend für diese Kreuzfahrtart ist die hohe Individualität der Flussreisen und der Einsatz von kleinen bis teilweise sehr kleinen Flussschiffen.

Aufgrund der Schiffsgröße entsteht zumeist ein familiäres  Ambiente an Bord. Der Service ist meist auf sehr hohem Niveau und die Ausstattung des Schiffes kann in den meisten Fällen als luxuriös bezeichnet werden. Hauptsächlich werden diese Flussreisen auf kleinen Strömen und Kanälen unternommen.
Beispiele hierfür sind:

  • Fahrten mit der 'Aqua Amazon' (24 Betten) auf dem Amazonas: hoher Komfort, ausschließlich 12 Suiten und eine höhere Anzahl an Besatzungsmitgliedern als Gäste versprechen ein luxuriöses Flusskreuzfahrterlebnis. 
  • Flussreisen mit der 'Zambezi Queen' (30 Betten) auf dem Chobe-Fluss: ebenfalls im 5-Sterne-Segment angesiedeltes Luxus-Schiff mit All-Suiten-Konzept, welches unweit der Viktoria-Fälle Flussreisen anbietet.
  • Kanalreisen mit der 'Juno' (66 Betten) auf dem Götakanal: eines der ältesten Flusskreuzfahrtschiffe der Welt; auf dem Weg von Göteborg nach Stockholm werden auf dem Kanal über 60 Schleusen überwunden.
  • auf dem Senegal-Fluss mit der 'Bou El Mogdad‘ (80 Betten): Das ehemalige Fracht- und Transportschiff aus der Mitte des 20. Jahrhunderts verkehrt auf dem Senegal-Fluss zwischen Saint-Louis und Podor auf ehemaligen französischen Handelsrouten.
  • entlang des Kaledonischen Kanals mit der 'Scottish Highlander' (8 Betten):
    Der einstige Lastkahn wurde aufwendig zu einer Luxus-Barge umgebaut und kreuzt auf dem Kaledonischen Kanal zwischen Muirtown und Banavie vorbei am sagenumwobenen ‚Loch Ness‘

Ein weiterer Bereich der Nischenkreuzfahrt sind Klassische Kreuzfahrten außerhalb der normalen Saisonzeiten. Hierbei handelt es sich meist um Kennenlern- oder Schnupperreisen in der Vor- oder Nachsaison (Winter).
Ein weiteres Gebiet sind die Festtagsreisen. Dies sind Kreuzfahrten über Weihnachten und/oder Silvester. Über eine Dauer von acht bis zwölf Tagen haben die Gäste hier meist die Möglichkeit zu ausgedehnten Aufenthalten in größeren Städten, zudem werden Konzerte und andere Veranstaltungen besucht. An Weihnachten und Silvester gibt es ein Festtagsmenü und die Gäste können ein lokales Feuerwerk genießen.

Eine typische Nischenkreuzfahrt auf dem Amazonas mit einem Aria-Schiff

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